本校為上海聖約翰大學、聖瑪利亞女校在台校友會與基督教台灣聖公會於民國54年所共同籌辦創立。前兩所學校均為聖公會於一百餘年前(民國前32年及前30年)在大陸設立之學校，兩校人才輩出，對國家貢獻殊大。

　　本校創辦人為當時聖公會台灣區主教王長齡博士。第一任董事長為吳舜文女士，第二任為王長齡主教，王主教逝世後由葉公超博士代理，第三任龐德明主教，第四任辜嚴倬雲博士，第五任賴榮信主教，第六任張員榮主教，第七任為姚祖驤董事長（111年12月迄今）。歷任校長為吳舜文教授、龐德明主教、夏雨人教授、葉基棟博士、張中平博士、楊敦和博士、陳金蓮博士、艾和昌博士、黃宏斌博士、張文宇博士及唐彥博博士(112年8月迄今)。

　　本校於民國56年奉教育部核准立案為新埔工業專科學校，並首次招生；本校原擬以「聖約翰大學」或其工商學院名義申請在台復校，當時因教育部未開放設立大學，且為配合當時國家經濟發展之需要及政府教育政策之要求，乃改辦工業專科學校。歷年來本校均以辦學認真，評鑑特優著稱，82年奉准改名為「新埔工商專科學校」，88年改制為「新埔技術學院」，92年奉教育部核定更名為「聖約翰技術學院」。94年核准改名為「聖約翰科技大學」，未來將朝以恢復「聖約翰大學」為本校努力爭取之最終目標。